Análisis de secuencias NBS-LRR en el género lens = Analysis of NBS-LRR sequences en the genus Lens

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Análisis de secuencias NBS-LRR en el género lens = Analysis of NBS-LRR sequences en the genus Lens

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Title: Análisis de secuencias NBS-LRR en el género lens = Analysis of NBS-LRR sequences en the genus Lens
Author: Tartilán Menéndez, María Natividad
xmlui.dri2xhtml.METS-1.0.item-advisor: Pérez de la Vega, Marcelino
García García, Pedro
xmlui.dri2xhtml.METS-1.0.item-contributor: Facultad de Ciencias Biologicas y Ambientales
xmlui.dri2xhtml.METS-1.0.item-area: Bioquimica y Biologia Molecular
Abstract: La lenteja (Lens culinaris Medik.) forma parte de las leguminosas grano y su principal uso es el consumo humano de la semilla debido a su gran aporte calórico. También es una fuente de hierro, proteínas, fibra y antioxidantes. Muchos factores pueden afectar al crecimiento y desarrollo de este cultivo, produciendo grandes pérdidas económicas. Dichos factores pueden ser abióticos, como la temperatura y otras condiciones climáticas, o las condiciones del suelo, pero también pueden ser bióticos, como los patógenos y las plagas. La mayor parte de los genes R conocidos pertenecen a la familia NBS-LRR, que tienen un subdominio central de unión a nucleótidos o NBS, que a su vez forma parte de un dominio mayor llamado NB-ARC y que tiene una serie de motivos conservados característicos, un dominio C-terminal rico en repeticiones de leucina o LRR y un dominio N-terminal que determina la subfamilia a la que corresponde la secuencia NBS-LRR. Para ello se han amplificado mediante PCR y aislado secuencias NBS-LRR de las seis especies o subespecies del género Lens Miller, tanto cultivada como silvestres, y de dos variedades distintas de la especie cultivada, Lupa e ILL5588, usando 14 combinaciones de cebadores degenerados basados en motivos conservados de secuencias conocidas y cebadores no degenerados diseñados a partir de secuencias de otras especies vegetales. Para analizar las relaciones filogenéticas de las secuencias obtenidas en este estudio con secuencias de lenteja obtenidas anteriormente y con secuencias NBS-LRR de las especies Medicago truncatula, Glycine max y Phaseolus vulgaris se realizó una búsqueda de secuencias en la base de datos Phytozome v10.2 y para Cicer arietinum en los datos del GeneBank del NCBI. Finalmente para hacer una estimación de la cobertura sobre el número de secuencias NBS-LRR presentes en el genoma de Lens y su tipo se ha realizado un estudio comparativo entre las secuencias obtenidas en la especie cultivada L. culinaris subespecie culinaris con las secuencias descritas en Medicago truncatula obtenidas en la base de datos Medicago truncatula versión 3.5. Con esto se puede comprobar que para los grupos NT-1 y NT-2 los números de secuencias son similares en ambas especies, pero que la mayoría de los otros grupos muestra un número significativamente mayor de secuencias en Medicago, lo que indica que posiblemente no se han encontrado todas las secuencias NBS-LRR de Lens.
xmlui.dri2xhtml.METS-1.0.item-desfisica: 165 p.
URI: http://hdl.handle.net/10612/5948
Date: 2017-03-02
xmlui.dri2xhtml.METS-1.0.item-date-submitted: 2016-01-22
xmlui.dri2xhtml.METS-1.0.item-tipo: info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
Subject: Biología
xmlui.dri2xhtml.METS-1.0.item-palclave: Genética vegetal
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tesis_f92a30.PDF 4.183Mb PDF View/Open Tesis de Natividad Tartilán
A1 secuencias.pdf 53.05Kb PDF View/Open
A2 homologia con otras especies.xls 1.046Mb Microsoft Excel View/Open
A3 composicion nucleotidica de las secuencias.xls 69Kb Microsoft Excel View/Open
A4 matrices dis ... y test de neutralidad.xls 637Kb Microsoft Excel View/Open
A5 motivos conservados.pdf 2.821Mb PDF View/Open
A6 homologias medicago y glycine LIS.pdf 710.7Kb PDF View/Open

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