Revisión sistemática de la base genética del carácter eficiencia alimentaria en el ganado vacuno utilizando estudios de RNA-Seq

Abstract

[ES] El presente trabajo se enfoca en conocer la base genética de la eficiencia alimentaria en el ganado vacuno de carne, considerando su importancia para reducir los costes de nutrición en el sector ganadero, y mitigar el impacto ambiental de la producción animal. La metodología de RNA-Seq ha demostrado ser eficaz para investigar la biología subyacente a este carácter. Sin embargo, los estudios previos en este campo son heterogéneos, dificultando la identificación de genes y rutas metabólicas clave para este fenotipo. Los objetivos de este trabajo son (1) realizar una revisión sistemática de los estudios publicados sobre eficiencia alimentaria en vacuno de carne utilizando RNA-Seq, y (2) contribuir al conocimiento científico integrando los resultados publicados, e identificando genes y procesos biológicos relevantes asociados a este carácter. Como resultado de la revisión sistemática, se identificaron un total de 12 estudios, y 203 candidatos funcionales asociados al carácter eficiencia alimentaria. Entre ellos, los genes MAPK1 y TUBA4A pueden considerarse clave para la eficiencia alimentaria en vacuno de carne, ya que fueron identificados como diferencialmente expresados en cuatro de los artículos revisados. El análisis de enriquecimiento funcional utilizando los 203 genes candidatos, sugieren que la eficiencia alimentaria en el ganado vacuno está asociada con la organización celular, la respuesta a estímulos internos y la regulación de la migración celular, así como con componentes celulares específicos, como los lisosomas y los ribosomas, y vías metabólicas, como la activación y agregación de plaquetas

[EN] The present work is focused on understanding the genetic basis of feed efficiency in beef cattle, considering its importance for reducing nutrition costs and mitigating the environmental impact in livestock industry. RNA-Seq methodology has proven effective in investigating the biology underlying this trait. However, previous studies on this trait are heterogeneous, hindering the identification of crucial genes and metabolic pathways for this phenotype. The objectives of this work are (1) to perform a systematic review of published studies on feed efficiency in beef cattle using RNA-Seq, and (2) to contribute to scientific knowledge by integrating published results and identifying relevant genes and biological processes associated with this trait. As a result of the systematic review, a total of 12 studies and 203 functional candidates associated with feed efficiency trait were identified. Among them, MAPK1 and TUBA4A genes can be considered key to feed efficiency in beef cattle, as they were identified as differentially expressed in four reviewed articles. Functional enrichment analyses using the 203 candidate genes suggested that feed efficiency in beef cattle is associated with the cellular organization, response to internal stimuli, and regulation of cell migration, as well as with specific cellular components, such as lysosomes and ribosomes, and metabolic pathways, such as platelet activation and aggregation